De Pieterskerk is de oudste kerk van Leiden en bestond al omstreeks 1100. In die tijd was de Pieterskerk in dienst als de kapel van de graaf, de Pieterskerk ligt naast de voormalige woonplaats van de graaf, het gravensteen. Pas halverwege de dertiende eeuw werd de Pieterskerk een parochiekerk wat inhield dat het gewone volk de kerk kon bezoeken. Sint Pieter was de patroonheilige die de sleutels tot de hemelpoort bij zich droeg. Deze sleutels zouden later ook in het stadswapen van de stad Leiden verschijnen.

De Pieterskerk zoals wij die nu kennen, is een laatgotische kruisbasiliek. Een kruisbasiliek houdt in dat de kerk is gebouwd in de vorm van een kruis, waarbij het lange gedeelte van de kerk het schip wordt genoemd en het dwarsgedeelte het transept (of zijbeuken). Het transept vormt ook de scheiding tussen het schip en het koor. Het koor is het gedeelte van de kerk waar zich het hoofdaltaar bevindt. De muren van de kerk zijn opgetrokken uit baksteen, welke bouwstijl zijn oorsprong vindt in de Vlaamse gotiek. Deze bouwstijl deed in de 13e eeuw zijn intrede in West Nederland. De stijlen, pijlers en de raamvensters zijn opgetrokken uit natuursteen en zandsteen. De bouw van de huidige kerk begon omstreeks 1390 met als bouwmeester Rutger van Kampen. Veel van de gebruikte materialen werden kant en klaar aangeleverd, de grote kerken hadden hun eigen bouwloods waar de materialen op maat werden gemaakt.

Tussen 1390 en 1415 kwam het koor gereed, het schip kwam later gereed, we moeten de bouw hiervan plaatsen tussen 1410 en 1430. Na 1450 begon men aan de uitbreiding van de zijbeuken welke verbreedt werden. In diezelfde periode begon men aan de bouw van het transept, dit is het korte gedeelte van het kruis. Aanvankelijk was het transept even hoog als de zijbeuken, het schip van de kerk stak dus een stuk boven de zijbeuken en het transept uit. Pas in de jaren zestig van de 16e eeuw bereikt de kerk zijn huidige omvang.

Toch had de Pieterskerk tot het begin van de 16e eeuw een heel ander aanzien dan vandaag de dag. In die tijd had de kerk namelijk een toren die hoog boven Leiden uitstak. Wanneer men precies is begonnen aan de bouw van de toren weet men niet, uit verscheidene bronnen blijkt dat omstreeks 1420 al een toren aanwezig was. Een van het weinig bron materiaal dat beschikbaar is, is een schilderij die de Pieterskerk omstreeks 1500 toont. De toren moet zo´n 100 meter hoog zijn geweest, wat hoog genoeg was voor zeelieden op de Noordzee om de Pieterskerk als baken te gebruiken. Hij werd dan ook `Coningh der Zee` (koning der zee) genoemd. Met zijn 100 tot 110 meter zou het één van de hoogste kerktorens in Nederland zijn geweest. Alleen de Dom te Utrecht en Nieuwe Kerk te Delft zouden hoger zijn geweest. In de nacht van 4 op 5 maart stortte de toren van de Pieterskerk in om daarna nooit meer herbouwd te worden, dit door geldgebrek. De klokken uit de kerktoren werden toen in een aparte klokkenstoel opgehangen. Deze klokkenstoel stond in wat tegenwoordig de kloksteeg is.

In 1975 verloor de Pieterskerk zijn religieuze functie. Sindsdien wordt de kerk voor andere doeleinden gebruikt zoals evenementenlocatie of voor het houden van concerten. Een andere evenement dat jaarlijks plaats vindt op het plein voor de kerk, het Pieterskerkplein, is de hutspotmaaltijd van de 3 october vereniging. Tegenwoordig is het mogelijk om in de Pieterskerk te trouwen, buiten het stadhuis is dit één van de plekken in Leiden waar een ambtenaar van de burgerlijke stand naar toe komt om huwelijken te voltrekken. Trouwen in een gebouw als de Pieterskerk is voor veel mensen toch een bijzondere gebeurtenis temeer daar de Sint Pieterskerk zo een lange geschiedenis kent waarbij een mensenleven al snel verbleekt. Ook zijn er vele plekken in de kerk die zich goed lenen voor het maken van prachtige trouwfoto's. Ook uitvaarten zijn mogelijk in de Pieterskerk.

In de Pieterskerk zijn een aantal beroemde personen begraven waaronder Jan Steen, bekend van zijn schilderijen, Hermanus Boerhaave, hoogleraar aan de medische faculteit aan de Leidse Universiteit en John Robinson, de leider van de Pilgrim Fathers, een religieuze groepering uit Engeland.

Een grote kerk als de Sint Pieterskerk zal nooit helemaal klaar zijn ook vandaag de dag wordt er hard gebouwd aan de Pieterskerk. Hoewel het vandaag de dag niet meer gaat om uitbreiding van de kerk maar om restauratie. Eén van de grote problemen is de bonte knaagkever welke het hout in de kap van de kerk ernstig aantast.